2006年9月23日，中科院副院长施尔畏和厦门市市长张昌平分别代表中国科学院与厦门市人民政府在厦门会展中心酒店鼓浪屿厅签署了《中国科学院与厦门市人民市政府共建中国科学院城市环境研究所协议书》，双方决定城市环境研究所于2006年11月18日奠基动工。

　　全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥，福建省人大常委会副主任洪华生，福建省副省长汪毅夫，厦门市人大常委会主任洪永世，厦门市委副书记、市政协主席陈修茂，厦门大学校长朱崇实及相关领导出席了签约仪式。签约仪式由厦门市副市长詹沧洲主持。

　　路甬祥在会上致辞说，中科院与厦门市共建城市环境研究所，目的就是为了加强自主创新，推进区域创新体系的建设。经济社会的高速发展，推动了城市化进程的加快，而这一过程中出现的生态环境保护问题日趋严峻。中科院在东南沿海城市厦门建立城市环境研究所，将对珠三角、长三角及中间区域的城市和城市群的城市生态、环境与健康、城市环境治理等科研领域提供科学支持和技术支持，促进人与自然的协调发展。

　　 陈修茂代表厦门市委、市政府对中科院的支持表示感谢，对城市环境研究所的成功组建表示热烈祝贺。他说，厦门市在发展经济的同时，非常注重环保，注重生态环境、人居环境的提升。中科院与厦门市合作共建城市环境研究所，是落实国家及全省科技大会精神，提升城市自主创新能力，大力推进可持续发展战略的具体举措。厦门将积极创造条件，促进城市环境研究所又快又好地建设和发展。

　　在签约仪式上，中科院城市环境研究所筹建工作组组长赵景柱同志汇报了研究所的筹建进展情况。他表示，在中科院、福建省及厦门市的大力支持下，城市环境研究所的筹建工作顺利推进。目前建所地址、规划方案、建设时序都已确定，人才招聘和2007年的硕士、博士招生、博士后招聘工作都在进行中。研究所正在按照中科院“边筹建、边招聘、边科研”的工作要求积极开展工作。

　　签约仪式前，路甬祥等领导还专程到位于杏林湾的研究所所址进行视察，并听取了赵景柱同志关于研究所园区规划和基本建设进展等情况。